La leggenda vuole che nel 781 d.C., Carlo Magno al ritorno da Roma, superata la zona dell’Amiata dove dilagava la peste, fece edificare una cappella dove adesso sorge il Monastero di Sant’Antimo per ringraziare Dio per lo scampato pericolo per lui ed il suo seguito.
Comunque, vi sono documenti che attestano che nel 814, l’Imperatore Ludovico il Pio donò le terre della zona al Monastero di Sant’Antimo.
Si insediano in questo periodo nella zona le popolazioni etrusche fuggite probabilmente da Roselle (oggi provincia di Grosseto e centro di studi proprio per l’insediamento etrusco) per rifugiarsi dagli attachi portati via mare dai Saraceni. Montalcino vive un momento di sviluppo e di floridità grazie alle attività artigianali prima fra tutte la ceramica, ma anche la lavorazioni di pelli e di lana, la concia e la lavorazione del ferro.
La posizione strategica, soprattutto per il controllo sulla Via Francigena, fece sì che la Repubblica di Siena la fortificò cingendola di mura nel 1110, facendo sì che Montalcino risultasse praticamente impenetrabile.
In questo periodo storico, Montalcino vive un bel periodo di benessere come la Repubblica di Siena, e fra le due si stabiliscono dei rapporti ingarbugliati alternando periodi di guerra a periodi di Pace (anche se talvolta solo apparente).
E’ il periodo dei Guelfi e Ghibellini, di quelli Bianchi e di quelli Neri, quindi è facile intuire quanti intrighi si potevano creare.
Nel 1202, a seguito di una ritrovata indipendenza, fu di nuovo sottoposta da Siena sotto assedio e fu costretto a capitolare. Nel 1252 però è di nuovo indipendente e di nuovo alleata con Firenze fino all’epilogo del 1260, contrassegnata dalla battaglia di Montaperti (citata pure nella Divina Commedia) che sancisce la definitiva vittoria di Siena e la definitiva annessione alla Repubblica senese. Passarono anni di tranquillità, fino a quando nel 1361 viene riconosciuta a Montalcino e la sua popolazione la cittadinanza senese.
Nel 1555 a Montalcino si ritirano a seguito della sconfitta inflitta da un esercito tedesco-spagnolo alla Repubblica di Siena, un gruppo di 400 famiglie senesi, che ridettero un ordinamento simile a quello senese a questo territori. Ma l’ultima Repubblica ebbe vita breve, infatti a seguito del Trattato di Chateau-Cambrésis, e la definitiva pace fra Spagna e Francia, il Capitano del Popolo Alessandro Vannucci consegnò nel Palazzo Pubblico le chiavi della città a Don Giovanni Guevara il 31 luglio del 1559 e successivamente finì con l’annessione alla Firenze dei Medici.